| Керівництво |
| Управління організації роботи |
| Управління оподаткування юридичних осіб |
| Управління правового забезпечення |
| Управління податкового аудиту |
| Відділ запобігання фінансовим операціям, пов’язаним з легалізацією доходів, одержаних злочинним шляхом |
| Управління контролю за підакцизними товарами |
| Управління фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку |
| Управління персоналу |
| Управління податкових сервісів |
| Управління по роботі з податковим боргом |
| Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації |
| Управління інфраструктури та господарського забезпечення |
| Управління з питань виявлення та опрацювання податкових ризиків |
| Управління економічного аналізу |
| Управління інформаційних технологій |
| Сектор реєстрації користувачів |
| Управління трансфертного ціноутворення |
| Управління оподаткування фізичних осіб |
| Сектор інформаційної взаємодії |
| Вінницька державна податкова інспекція |
| Гайсинська державна податкова інспекція |
| Жмеринська державна податкова інспекція |
| Могилів-Подільська державна податкова інспекція |
| Тульчинська державна податкова інспекція |
| Хмільницька державна податкова інспекція |
